Molte teorie affermano che l'MJ-12 sia tutt'ora attivo. Il ricercatore ufologico Bill Hamilton ritiene di aver identificato gli attuali membri dell'organizzazione. Secondo questo ricercatore Gordon Novel è un individuo coinvolto in diverse cospirazioni della CIA : nel Watergate e nell'investigazione di Jim Garrison sull'assassinio del presidente degli Stati Uniti J.F. Kennedy

Siccome il presidente Kennedy aveva l'obbiettivo di porre termine al cover-up sull'organizzazione, Gordon Novel molto probabilmente venne coinvolto nel suo assassinio. Sempre secondo questo ricercatore, Novel è un abile manipolatore di eventi il cui scopo è di venire in possesso di tecnologia aliena per mantenere e aumentare il proprio potere. Inoltre, per poter finanziare gli enormi costi per la ricerca e la sicurezza, Novel si sarebbe macchiato di diversi assassini legati al traffico di stupefacenti. Novel background and interview

Erick Walker è un altro testimone che confermerebbe l'attuale esistenza dell' MJ-12 Quando venne contattato, Walker affermò che sapeva della sua esistenza fin dalla sua formazione nel lontano 1947. Come per Novel, in un intervista rilasciata verso la fine del 1990 Walker affermò che l'organizzazione era composta principalmente da americani ma anche da stranieri. Secondo le sue affermazioni questi individui sono un gruppo di persone molto elitario, ma ripetutamente cercò di scoraggiare l'intervistatore nel saperne di più, in quanto non vi erano ulteriori possibilità per approfondire l'argomento.

Secondo un articolo pubblicato dal DNA Magazine del 6 luglio, 2006, e una serie di interviste del Dr. Dan Burish, ( un presunto impiegato governativo da più di 20 anni all'interno dell'MJ-12 ) al programma Jeff Rense Radio del 6 luglio e del 13 luglio 2006,

i presunti membri direttivi dell'MJ-12 sono :

·         J1: Vice Ammiraglio John M. McConnell --- Ex. direttore della NSA, dal Gennaio 2007 Direttore del National Intelligence (DNI),

·         J2: Richard B. Cheney --- Vice presidente degli Stati Uniti sotto la presidenza di Bush.

·         J3: Porter Goss --- Ex. direttore della DCI ( Director of Central Intelligence)

·         J4: Ammiraglio Bobby Ray Inman --- Ex. direttore della NSA e della Naval Intelligence, e vice direttore della CIA e della DIA.

·         J5: Henry Alfred Kissinger --- Ex. Consigliere per la Sicurezza Nazionale e Segretario di Stato sotto la presidenza Nixon

·         J6: Zbigniew Brzezinski --- Ex. Consigliere della Sicurezza Nazionale sotto la presidenza Carter.

·         J7: Generale Richard B. Myers - Presidente del Joint Chiefs of Staff, sotto la seconda presidenza Bush, fino al suo recente ritiro nel Settembre 2005.

·         J8: Kevin Tebbit --- Ministro della Difesa Britannico

·         J9: Carol Thatcher --- Sorella dell'ex Primo Ministro inglese, Margaret Thatcher- Ha cessato di mantenere un basso profilo verso la fine del 2005 partecipando allo show televisivo : "I'm a Celebrity, Get Me Out of Here!"

·         J10: Alan Greenspan --- Ex. Presidente della Federal Reserve americana.

·         J11: Harold Varmus --- Ex. Direttore del National Institutes of Healt e Premio Nobel per la medicina.

·         J12: R. Buss (E' della CIA - ma non si hanno informazioni)